据民促法修法，对于已经开办的民办学校，修改后的法律规定了过渡期：本决定公布前设立的民办学校，选择登记为非营利性民办学校的，根据依照本决定修改后的学校章程继续办学；选择登记为营利性民办学校的，应当进行财务清算，依法明确财产权属，并缴纳相关税费，重新登记，继续办学。
但政策实施以后，还需妥善处理这一过渡过程。全国人大常委会委员周天鸿举了一个例子，“有一些民办学校现在是从幼儿园一直办到高中，这部法律实施后，它们就要拆开办学了。学前教育选择成为营利性的民办学校，从一年级到初三年级的义务教育只能转为非营利性学校，高中阶段又要转为营利性学校，一个学校要分成不同类型的学校，财产分割、债务剥离、管理人员，甚至教师都要进行分家了。” 他希望政府部门在执法过程中对它们进行指导，使学校能够健康发展。
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